驱魔少女夏洛特：普段は、普通の学生生活を送っている、近衛瑞樹。 しかし、彼女のもう一つの顔は悪魔を祓うエクソシストだった。 その名も『シャルロット・カトリーヌ・クルーエ』 とある放課後、同じクラスの男子生徒達が悪魔の噂を耳にし、工場跡へと侵入してしまう。 心配になり彼らの後を追うとそこには、やはり悪魔が潜んでいた。 男子生徒達を守ろうとした瑞樹は悪魔メルキスによって、弱体化の呪いを掛けられてしまう。 さらにはメルキスによって欲情を解放された男子生徒達や悪霊などにも狙われてしまう事に… それでも男子生徒達を救うべく瑞樹はメルキスとの戦いへと突き進むのだった…